Le fonctionnaire, titulaire ou stagiaire, en position d’activité a droit, s’il est atteint d’une maladie dûment constatée le met- tant dans l’impossibilité d’exercer ses fonctions, à un congé de maladie communément dénommé « congé de maladie ordinaire » (Cmo). Il a droit à un ou plusieurs congés de maladie ordinaire, dans la limite d’un an au cours des 12 derniers mois. Ces 12 mois consécutifs doivent s’entendre comme les 12 mois précédant immédiatement la date à laquelle la situation de l’agent est appréciée, sans qu’il y ait lieu de la prolonger pour tenir compte des périodes, comprises dans ces 12 mois, pendant lesquelles l’agent s’est trouvé dans une position excluant qu’il effectue son service et qu’il perçoive une rémunération ¹.

La réglementation ne fixe pas de durée minimale pour le congé de maladie ordinaire. Par exemple, une circulaire du 13 mars 2006 ² relative à la protection sociale (1re partie, point 9.2) indique que les absences d’un fonctionnaire qui suit un traitement médical périodique (elle cite l’hémodialyse à titre d’exemple) peuvent notamment être décomptées, au besoin par demi-journées, sur ses droits à congé de maladie ordinaire.

La procédure d’octroi du Cmo

La décision d’octroi d’un congé de maladie appartient à l’employeur ou à son représentant (le chef de service par exemple). Pour être placé en Cmo, l’agent doit adresser à celui-ci, au plus tard dans un délai de quarante-huit heures, un certificat médical indiquant la durée probable de l’incapacité de travail, établi par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme. La non-transmission de l’avis d’arrêt de travail dans ce délai peut donner lieu à sanction.


Les conséquences d’une transmission hors délai sont les suivantes :
➥ à la première transmission hors délai, l’employeur informe par courrier l’agent du retard constaté et de la réduction de la rémunération à laquelle il s’expose en cas de réitération d’un envoi tardif dans les deux années suivant la date d’établissement du premier arrêt de travail considéré.
➥ en cas de récidive dans ce délai de deux ans, le montant de la rémunération afférente à la période écoulée entre la date d’établissement de l’avis d’interruption de travail et la date d’envoi de celui-ci à l’autorité territoriale est réduit de moitié, sauf si l’intéressé justifie d’une hospitalisation ou, dans les huit jours suivant l’établissement de l’arrêt, de son impossibilité d’envoyer celui-ci dans les délais.
La réduction est appliquée sur le traitement indiciaire brut ainsi que sur les primes et indemnités perçues à l’exception de remboursements de frais et de certaines primes (par exemple : la part ou l’intégralité des primes et indemnités dont la modulation est fonction des résultats et de la manière de servir).

Les cas de prolongation du Cmo

La prolongation du congé s’effectue selon les mêmes modalités, avec la simple exigence de production d’un certificat médical, tant que l’agent n’atteint pas six mois consécutifs de Cmo.
Lorsque le fonctionnaire est toujours inapte à reprendre son service après six mois consécutifs de congé de maladie ordinaire, une procédure spécifique doit être suivie : le comité médical doit en effet être saisi pour avis de toute demande de prolongation du Cmo.

La possibilité du placement d’office en Cmo par l’administration


Le Conseil d’Etat a reconnu à l’administration la possibilité de provoquer un examen médical du fonctionnaire par un médecin assermenté, de saisir le comité médical compétent, puis de placer d’of- fice l’intéressé, au vu de ces avis médicaux, en Cmo ³.
Le constat d’une maladie mettant le fonctionnaire dans l’impossibilité d’exercer ses fonctions et nécessitant son placement en Cmo peut ainsi être effectué, sans demande de l’agent, par un médecin agréé. Cependant, si l’intéressé conteste ces conclusions médicales et se présente à son service afin d’exercer ses fonctions, l’administration doit saisir le comité médical et, en attendant son avis, accueillir l’agent dans le service ⁴.

Le contrôle médical du fonctionnaire en Cmo


Durant le Cmo, l’administration peut, à tout moment, faire procéder à la contre- visite du fonctionnaire par un médecin agréé. Dès lors, le fonctionnaire doit s’y soumettre, sous peine d’interruption du versement de sa rémunération. En cas de contestation des conclusions du médecin agréé, le comité médical peut être saisi soit par l’employeur, soit par l’agent lui- même.
Par ailleurs, le fonctionnaire qui se sous- trait au contrôle médical ou refuse de se soumettre aux suites données par l’administration peut faire l’objet d’une procédure disciplinaire, d’une interruption de rémunération ou, dans les cas extrêmes, d’une procédure de radiation des cadres.

La rémunération du fonctionnaire durant le Cmo

Les statuts de chaque fonction publique prévoient le fonctionnaire conserve son plein traitement pendant trois mois de Cmo, puis le demi-traitement durant les neuf mois suivants. En outre, celui-ci conserve la totalité du supplément familial de traitement (Sft) et de l’indemnité de résidence durant tout le congé. Par ailleurs il bénéficie du maintien de la nouvelle bonification indiciaire (Nbi) dans les mêmes proportions que le traitement : elle est ainsi versée intégrale- ment pendant les trois premiers mois, puis réduite de moitié dans les neuf mois suivants S’agissant du régime indemnitaire, les règles sont fixées soit par décrets et arrêtés (dans les fonctions publiques d’État et hospitalière) et précisées par délibération, au niveau de la collectivité ou de l’établissement local (s’agissant de la fonction publique territoriale).

L’instauration du « délai de carence » dans la fonction publique depuis le 1er janvier 2018


L’article 115 de la loi n° 2017-1837 du 30 décembre 2017 portant loi de finances pour 2018 prévoit que « les agents publics civils et les militaires en congé de maladie […] ne bénéficient du maintien de leur traitement ou de leur rémunération, ou du versement de prestations en espèces par l’employeur qu’à compter du deuxième jour de ce congé ».
Le même prévoit, toutefois, que ce « délai de carence » ne s’applique pas :

➥ lorsque la maladie provient de l’une des causes exceptionnelles prévues aux articles L. 27 et L. 35 du code des pensions civiles et militaires de retraite (incapacité permanente de continuer ses fonctions en raison d’infirmités résultant de blessures ou de maladie contractées ou aggravées soit en service, soit en accomplissant un acte de dévouement dans un intérêt public, soit en exposant ses jours pour sauver la vie d’une ou plusieurs per- sonnes et qui n’a pu être reclassé) ;
➥ lorsque la période de reprise de travail entre deux congés de maladie n’a pas excédé 48 heures, si le congé est accordé au titre de la même cause ;
➥ aux autres congés qui ne sont pas des Cmo (congés pour invalidité temporaire imputable au service ; accident de service ou du travail ; maladie professionnelle ; congés de longue maladie, de grave maladie et de longue durée).
En outre, lorsque l’arrêt de travail est en rapport avec une affection de longue durée (Ald) – au sens de l’article L. 341 du Code de la Sécurité sociale –, le délai de carence ne s’applique qu’une seule fois par période de 3 ans débutant dès le premier arrêt au titre de cette Ald.
La retenue au titre du jour de carence s’effectue sur le traitement brut, la Nbi, l’indemnité de résidence et les primes, sauf le Sft, à raison de 1/30e. En conséquence, aucune cotisation patronale ou ouvrière n’est prélevée sur les éléments de paie qui font l’objet d’un non-versement. Lorsque le fonctionnaire relevant du régime spécial passe à demi-traitement durant un Cmo, il a droit, si la rémunération statutaire qui lui est maintenue est moins avantageuse que les indemnités journalières de maladie qu’offre à situation équivalente le régime général, à une « indemnité différentielle » ou à une « indemnité de coordination ».

Les modalités de reprise à l’issue d’un Cmo

Dès lors que le fonctionnaire est physiquement apte à l’issue d’une période de Cmo, il est autorisé à reprendre ses fonctions. En effet l’emploi qu’il occupe ne peut être considéré comme vacant. Cependant, la reprise de ses fonctions peut s’effectuer, en raison de son état de santé, dans le cadre d’un reclassement dans un autre emploi, un autre grade ou un autre cadre d’emplois.
Si le fonctionnaire refuse, sans motif valable lié à son état de santé, l’emploi qui lui est assigné à l’expiration de son congé, il peut être licencié après avis de la commission administrative paritaire compétente.
Par ailleurs, à l’issue d’un Cmo, un fonctionnaire peut être autorisé à reprendre ses fonctions à temps partiel pour rai- son thérapeutique. Cette autorisation est accordée pour une période de trois mois, renouvelable dans la limite d’un an pour la même affection. Les fonctionnaires autorisés à travailler à temps partiel pour raison thérapeutique perçoivent l’intégralité de leur traitement.
Dans l’hypothèse où le fonctionnaire a bénéficié de 12 mois consécutifs de Cmo, il ne peut, à l’expiration de la dernière période de congé, reprendre son service sans l’avis favorable du comité médical. En cas d’avis défavorable du comité médical à la reprise, le fonctionnaire est soit :
➥ placé en disponibilité ;
➥ reclassé dans un autre emploi ;

➥ ou, s’il est reconnu définitivement inapte à l’exercice de tout emploi, mis à la retraite pour invalidité après avis de la commission de réforme.
Par ailleurs, il peut être placé, s’il remplit les conditions exigées, en congé de longue maladie ou en congé de longue durée.

¹. Conseil d’État, 8 février 1995, requêtes n° 114987, 133063 et 133608 ;
². Circulaire ministérielle du 13 mars 2006 relative
à la protection sociale des fonctionnaires territoriaux nommés dans des emplois permanents à temps complet ou à temps non complet contre les risques maladie
et accidents de service.
³. Conseil d’État, 27 mars 1987, requête n° 53191.
⁴. Cour administrative d’appel de Bordeaux, 17 mai 2005, requête n° 02BX01183.